Запускается Защитник в этом режиме из панели Параметры → Обновление и безопасность → Защитник Windows → Автономный защитник Windows кликом по кнопке Проверить автономно. В автономном режиме Защитник Windows запускается не в зараженной, а в заведомо чистой, специальной версии системы (Windows PE) и проверяет диски компьютера на предмет наличия вредоносного программного обеспечения. Потому для его использования потребуется перезагрузка компьютера. 

Сразу после перезапуска компьютера будет запущен Windows Defender Offline и автоматически стартует проверка системы. При необходимости прямо из этого режима можно обновить используемые антивирусом базы определений вирусов и программ шпионов.

Ознакомиться с результатами сканирования можно уже после завершения проверки и возврата в основную систему, на вкладке Журнал главного окна Защитника Windows (запустить антивирус можно из поиска на панели задач, например). Все обнаруженные в автономном режиме элементы будут отмечены в колонке Метод обнаружения.

Автономный защитник Windows включён в состав Windows 10 с версии 1607, но воспользоваться им можно и с загрузочного диска (DVD или USB) для сканирования любых других компьютеров. Для этого нужно лишь скачать, запустить и следовать указаниям инсталлятора, предлагаемого по ссылке ниже. Создавать носитель конечно лучше на заведомо чистой системе.